Uczęszczał do szkoły powszechnej przy Prywatnym Gimnazjum i Liceum Zboru Ewangelicko-Augsburskiego im. M. Reja w Warszawie. W czasie okupacji niemieckiej kontynuował naukę na tajnych kompletach prowadzonych przy tej szkole. Równocześnie rozpoczął twórczość literacką; wiosną 1943 roku na tajnym wieczorze literackim czytał swoje opowiadania. Należał do Gwardii Ludowej Polskiej Partii Socjalistycznej (PPS) – Wolność, Równość, Niepodległość (posługiwał się pseudonimami „As” i „Asia”).
Brał udział w powstaniu warszawskim na Starym Mieście. W początkach września wraz z ewakuowaną ludnością cywilną opuścił z rodzicami Warszawę i po krótkim pobycie w obozie przejściowym w Pruszkowie został wywieziony do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen, gdzie przebywał do kwietnia 1945 roku. Po powrocie do Warszawy wstąpił do Organizacji Młodzieży Towarzystwa Uniwersytetu Robotniczego (OM TUR) i PPS. Wkrótce przeniósł się do Katowic, tu od lutego 1946 roku kierował referatem prasowym Komitetu Wojewódzkiego OM TUR oraz uczył się w Prywatnym Liceum Ogólnokształcącym dla Dorosłych, gdzie zdał maturę. Od 1947 roku praktykował jako dziennikarz w katowickiej „Gazecie Robotniczej”, współpracował także z pismem „Młodzi Idą” i z dwutygodnikiem „Film”, publikując tam stałe recenzje filmowe (także podpisywane pseudonimem „August Rewere”) oraz noty w rubryce Przegląd teatralny, podpisywane: „(a)”, „A.S.”, „(s.)”, „(S.)”. W 1947 roku został członkiem Związku Zawodowego Dziennikarzy RP. W 1948 roku po połączeniu PPS i Polskiej Partii Robotniczej został członkiem Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. W latach 1948–1951 pracował jako redaktor dziennika „Życie Warszawy”, kierownik rozgłośni Polskiego Radia w Katowicach (1950–1955), w okresie 1951–1956 jako kierownik literacki Teatru Śląskiego im. Stanisława Wyspiańskiego w Katowicach. W latach 1956–1958 był radcą ambasady PRL w Danii, następnie do 1964 roku redaktorem Polskiego Radia w Warszawie, w okresie 1965–1975 redaktorem tygodnika „Polityka”, a od 1971 do 1975 pisał dla miesięcznika „Odra”.
Pod koniec lat 70. XX wieku związał się z opozycją demokratyczną (KOR). Został także współpracownikiem Polskiego Porozumienia Niepodległościowego. Od 1977 roku coraz częściej publikował w gazetach opozycyjnych w obiegu podziemnym, co doprowadziło do jego internowania po ogłoszeniu w grudniu 1981 roku stanu wojennego. Po politycznych zmianach w Polsce w latach 1989–1991 sprawował mandat senatora I kadencji. Działał na rzecz pojednania niemiecko-polskiego (w 1995 roku za podejmowane w tej dziedzinie starania otrzymał Federalny Krzyż Zasługi). Opowiadał się także za pojednaniem i zbliżeniem polsko-żydowskim, stał na czele Towarzystwa Przyjaźni Polsko-Izraelskiej (TPPI). Należał do Związku Literatów Polskich, a później do Stowarzyszenia Pisarzy Polskich.
W 1946 roku Szczypiorski zadebiutował jako publicysta krytyczną recenzją Co myślisz, starcze, o ludach zachodnich? z wystawienia Lilli Wenedy Juliusza Słowackiego w warszawskim Teatrze Polskim, ogłoszoną w „Kuźnicy” (nr 5; podpisana: „A. S-r.”). W 1948 roku zadebiutował jako prozaik opowiadaniem Otwarta brama, opublikowanym w dwutygodniku „Wolni Ludzie” (nr specjalny, kwietniowy). W 1951 roku debiutował jako autor słuchowisk radiowych utworem Anaconda.
Debiutem książkowym Szczypiorskiego był zbiór opowiadań Ojcowie epoki (1955). Od tego czasu ogłosił ponad dwadzieścia tomów prozy (powieści, zbiorów reportaży i felietonów, szkiców i esejów). W twórczości powieściowej i publicystyce Szczypiorski zajmował się przede wszystkim dwoma zagadnieniami – problemami współczesnych stosunków polsko-niemieckich oraz konfliktami moralnymi i politycznymi ostatnich dziesięcioleci. Najlepiej dał się poznać w roli mediatora dążącego do naprawienia stosunków między narodami – polskim, niemieckim i żydowskim. Ogromne uznanie zapewniła mu powieść Początek (1986), w której przedstawił różnorodność postaw Polaków, Żydów i Niemców w czasie okupacji hitlerowskiej. Literatura według Szczypiorskiego to „rodzaj misji [...] zadanie powierzone pisarzowi przez społeczeństwo”. Tej definicji roli pisarskiej starał się być wierny, zarówno uprawiając fikcję literacką, jak i prozę dokumentu osobistego (Z notatnika stanu wojennego,1983).
Po sukcesie Początku opublikował kolejne głośne książki: fascynującą powieść o mechanizmie politycznej prowokacji Noc, dzień i noc (1991), powieść psychologiczno-obyczajową Autoportret z kobietą (1994), a także zbiory opowiadań (między innymi Amerykańską whisky, 1987 – zbiór wyróżniony Nagrodą Sztuki i Kultury Katolików Niemieckich). Polska krytyka literacka najwyżej ocenia paraboliczną powieść Msza za miasto Arras (1971), gdzie za osnowę historyczną posłużyły autentyczne wypadki z XV wieku (klęska zarazy i głodu, prześladowania Żydów i heretyków). Szczypiorski przystąpił do pisania tego utworu jesienią 1968 roku w odpowiedzi na dramatyczne i haniebne wydarzenia z wiosny tego samego roku – antysemityzm i ataki na intelektualistów sprowokowane przez władzę komunistyczną. Zagadnienia te zostały bezbłędnie odczytane przez pierwszych czytelników powieści, a w Mszy za miasto Arras rozpoznano ważny głos pisarza zatroskanego moralnym obliczem współczesności. Sam Szczypiorski zapisał: „Czytelnik europejski akceptuje szyderstwo literatury z rzeczywistości, ale nie lubi, kiedy literatura szydzi z literatury. Ten czytelnik domaga się pewnej powagi; żąda, by literatura sprostała swoim społecznym powinnościom”.
Szczypiorski za swoją twórczość otrzymał liczne nagrody i odznaczenia. W 1963 roku za dorobek radiowy został uhonorowany nagrodą Stowarzyszenia Autorów „ZAiKS” oraz Komitetu do Spraw Radia i Telewizji. Za powieść Msza za miasto Arras przyznano mu
Nagrodę Polskiego PEN Clubu im. M. Lepeckiego (1972). W 1986 roku otrzymał nagrodę „Wiadomości” londyńskich za powieść Początek. W 1988 roku przyznano mu austriacką nagrodę państwową w dziedzinie literatury europejskiej za całokształt twórczości, ze szczególnym uwzględnieniem powieści Początek, a w 1989 roku nagrodę literacką im. Nelly Sachs. W 1994 roku otrzymał austriacką nagrodę im. J.G. Herdera, ufundowaną przez Uniwersytet Wiedeński, w 1995 roku nagrodę im. A. Gryphiusa, przyznawaną przez Gildię Artystów z Esslingen w Niemczech. 1998 rok przyniósł mu nagrodę Złotego Pióra, przyznawaną przez niemiecki koncern wydawniczy Bauer Verlag za zasługi w zbliżaniu narodów niemieckiego i polskiego. Został także odznaczony między innymi Krzyżem Kawalerskim (1964), Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (1997), medalem „Zasłużony dla Tolerancji” (1999), orderami niemieckimi Pour le Mérite (1995) i Wielkim Krzyżem Zasługi z Gwiazdą (1995) oraz pośmiertnie Honorowym Dyplomem Nagrody Polsko-Niemieckiej Rządów Rzeczpospolitej Polskiej i Republiki Federalnej Niemiec (2001).