Książka Wojny kultur i inne wojny (2010) to jej debiut eseistyczny. Składa się z tekstów powstałych w latach 2000–2010, publikowanych pierwotnie na łamach między innymi „Rzeczpospolitej”, „Teologii Politycznej”, „Przeglądu Politycznego”, „Znaku”, „Życia”, „Wprost” i „Zeszytów Karmelitańskich”.
Agnieszka Kołakowska znalazła się wśród dziewięciorga autorów zbioru opowiadań 9 Wigilii (2007). Zamieściła tam nowelę Czwarty, który nie zdążył opartą na legendarnym motywie związanym z Bożym Narodzeniem – oprócz trzech króli, którzy według Pisma Świętego złożyli hołd nowo narodzonemu Bogu, miałby jeszcze istnieć czwarty król, tak bardzo współczujący ludziom, że w drodze do Betlejem pomagał innym; spóźniając się, przybył dopiero na Golgotę. Czwarty, który nie zdążył wpisuje się więc w najlepsze tradycje nowelistyki zawierającej metafizyczną zagadkę.
Najbardziej znana jest jednak Kołakowska jako autorka esejów, które przekraczają granice przewidywalnych sądów publicystycznych. W przeciwieństwie do jej stricte literackiej twórczości, szkice filozoficzno-polityczne zawierają opinie formułowane z naciskiem na pewność wypowiadanych sądów. Eseistka odwołuje się do uczciwości intelektualnej, jasności wypowiedzi, a do preferowanych przez nią wartości zalicza się klasyczny liberalizm i racjonalizm. Część jej tekstów ma charakter polemiczny, są zapisem stanowiska, jakie zajmowała w publicznych debatach. Zarazem wypowiedzi, z którymi dyskutowała, stanowią najbliższy kontekst jej eseistyki.
W swoim pisarstwie Kołakowska podejmuje żywo dyskutowaną problematykę: poprawności politycznej (political correctness), integracji europejskiej, imigracji, laickości państwa. Styl publicystycznych i eseistycznych wypowiedzi Agnieszki Kołakowskiej odznacza się precyzją, a ścisłość myśli uzyskuje w nich rangę etycznego imperatywu. Do współczesnych myślicieli, których darzy uznaniem i na których się powołuje, należy amerykańska konserwatystka Gertrude Himmelfarb. Wpływ na racjonalistyczny, a zarazem krytyczny wobec myśli lewicy, w szczególności marksistowskiej, profil intelektualny eseistki wywarło przestudiowanie Głównych nurtów marksizmu Leszka Kołakowskiego. Była redaktorką innej jego książki – Metaphysical horror (2001).
Została uhonorowana Nagrodą im. Andrzeja Kijowskiego za publikację Wojny kultur i inne wojny (2012) oraz Nagrodą Stowarzyszenia Wydawców Katolickich „Feniks” za książkę Plaga słowików (2017).