W pierwszym zbiorze prozy, zatytułowanym Xavras Wyżryn (1997), Dukaj stworzył alternatywną wizję historii Polski. Kolejnymi książkami – między innymi powieściami Czarne oceany, Extensa, Inne pieśni, Perfekcyjna niedoskonałość – potwierdził, że umie znakomicie posługiwać się rozmaitymi konwencjami prozy fantastycznej.
Dukaj ma niezwykłą łatwość kreowania w prozie kompletnych, obmyślanych w najdrobniejszych szczegółach światów powieściowych, opartych na spójnych założeniach filozoficznych czy naukowych. Czasami tworzy je jako swego rodzaju eksperymenty myślowe, na przykład w Innych pieśniach autor spróbował przedstawić, jak wyglądałby świat, gdyby rację co do jego natury i mechanizmów nim rządzących mieli starożytni greccy filozofowie. Zwykle jednak pomysłowość pisarza służy namysłowi nad możliwymi skutkami rozwoju cywilizacji i ewolucji człowieka; w Perfekcyjnej niedoskonałości, powieści, której akcja rozgrywa się w XXIX wieku, opisuje między innymi istoty postludzkie.
Dużą zaletą prozy Dukaja są wyraziści bohaterowie; najczęściej są to jednostki, którym przychodzi odgrywać ważne role w historii danych społeczności, ale przy tym naznaczone jakąś skazą, zmuszone do zmagań z samymi sobą jak Hieronim Berbelek z Innych pieśni czy Benedykt Gierosławski z Lodu. Po jego książki sięgają zarówno zwyczajni entuzjaści dobrych historii, jak i odbiorcy zainteresowani przede wszystkim zgłębianiem antropologicznych i filozoficznych koncepcji pisarza.
Dukaj nie stroni od innych aktywności kulturalnych czy współpracy przy różnych utworach. Na motywach opowiadania Katedra Tomasz Bagiński stworzył film animowany, który był nominowany w 2003 roku do Oscara, a na podstawie Starości aksolotla Netflix wyprodukował serial Into the Night. W 2017 roku Dukaj zaproponował polskiemu czytelnikowi nowy przekład Heart of Darkness Josepha Conrada. Zdaniem krytyka Jakuba Bożka: „Dukaj wydobywa z noweli Conrada surowy ekstrakt, esencję fizycznego doznania kongijskiej dżungli – wilgotność, temperaturę, tępe rozleniwienie, atak na zmysły i rozum, wreszcie poczucie zagrożenia”. W 2022 roku pisarz założył firmę z zamiarem produkcji gier na podstawie własnej prozy. Pierwszą produkcją założonego przez studio Nolensum ma być Hardware Dreams na podstawie jego powieści Starość aksolotla.
Jacek Dukaj jest wielokrotnym laureatem prestiżowej w środowisku fantastów Nagrody im. Janusza A. Zajdla i wielu innych nagród. Za powieść Lód otrzymał nominacje między innymi do Literackiej Nagrody Europy Środkowej „Angelus” (2007) i Nagrody Literackiej „Nike” (2007) oraz został laureatem Europejskiej Nagrody Literackiej i Nagrody Fundacji im. Kościelskich (2008). W 2023 roku został laureatem nagrody przyznawanej przez European Science-Fiction Society w kategorii „Best author”. W 2012 roku wyróżniony Brązowym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
[PK]