Szczepański urodził się 12 stycznia 1919 roku w Warszawie. Jego ojciec był ekonomistą, dyplomatą i bratem pisarki Marii Kuncewiczowej; matka – tłumaczką literatury serbskiej i nauczycielką francuskiego. W 1937 roku zdał maturę w katowickim gimnazjum, studia orientalistyczne podjęte na Uniwersytecie Warszawskim przerwała wojna. Szczepański walczył w kampanii wrześniowej, co znalazło odbicie w jego pierwszej powieści Polska jesień – jej fragmenty ukazały się w 1943 roku w konspiracyjnym miesięczniku „Droga” – obok wierszy Krzysztofa Kamila Baczyńskiego. W 1941 roku wstąpił do Związku Jaszczurczego, od 1942 był żołnierzem Narodowych Sił Zbrojnych, a od 1943 roku – Armii Krajowej. Czynnie uczestniczył w walkach partyzanckich, co również znalazło odbicie w jego twórczości. Po zakończeniu wojny nadal mieszkał w Krakowie i kontynuował studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1946 roku nawiązał współpracę z „Tygodnikiem Powszechnym” i na jego łamach ogłosił w 1947 roku opowiadanie Buty (nr 6), które uważał za swój właściwy debiut prozatorski.
Równocześnie był tłumaczem w redakcji „Głosu Anglii” (1946–1947), a następnie przewodnikiem po Zamku Królewskim na Wawelu (1947–1948). W 1947 roku uzyskał stopień magistra filozofii w zakresie nauk orientalistycznych. W tym samym roku ożenił się z Danutą Wolską. Od 1948 roku był członkiem Związku Zawodowego Literatów Polskich. W latach 1949–1953 (do przejęcia tytułu przez Stowarzyszenie „PAX”) wchodził w skład zespołu redakcyjnego „Tygodnika Powszechnego”; po reaktywowaniu pisma przez dawny zespół w grudniu 1956roku został stałym współpracownikiem. Od 1953 roku pracował jako redaktor techniczny w Polskim Wydawnictwie Muzycznym, a następnie w latach 1959–1966 był kierownikiem literackim Teatru Lalek „Groteska” w Krakowie.
Odbywał liczne podróże zagraniczne, z których relacje publikował następnie w książkach reportażowych; był między innymi we Francji (1957; stypendysta Ministerstwa Kultury i Sztuki), Stanach Zjednoczonych (1958; uczestnik międzynarodowego seminarium na Uniwersytecie Harvarda), na Spitsbergenie (1959; członek polskiej wyprawy polarnej), we Włoszech i ponownie we Francji (1960), brał udział w rejsach morskich, w tym do Zatoki Perskiej i Indii (1961), Afryki Wschodniej i Południowej (1963–1964) oraz Ameryki Południowej (1967), ponownie odwiedził Stany Zjednoczone (1969; stypendysta International Writing Program University of Iowa), był w Związku Radzieckim (1970) i w Grecji (1975). Ogłaszał utwory między innymi w „Życiu Literackim” (1957–1971) i w „Twórczości” (1962–1983). W 1975 roku podpisał „Memoriał 59”, wyrażający protest przeciw projektowanym zmianom w Konstytucji Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej, za co był represjonowany dwuletnim zakazem publikacji.
Od 1976 roku należał do Polskiego PEN Clubu (członek Zarządu). Publikował artykuły w wychodzącym poza cenzurą czasopiśmie „PPN” (1977, 1979–1980; druk bez nazwiska autora; podpisany: Zespół Problemowy Polskiego Porozumienia Niepodległościowego). W 1978 roku podpisał deklarację programową i dołączył do prac Towarzystwa Kursów Naukowych. Od 1978 roku był członkiem, a od 1980 prezesem Zarządu Głównego ZLP. W sierpniu 1980 roku dołączył do tzw. Apelu 64 uczonych, pisarzy i publicystów do władz komunistycznych o podjęcie rozmów ze strajkującymi stoczniowcami. W grudniu 1981 roku wchodził w skład komitetu organizacyjnego Kongresu Kultury Polskiej w Warszawie.
Po ogłoszeniu stanu wojennego brał udział w tajnej działalności ZLP (także po rozwiązaniu związku w 1983 roku). Nadal podróżował za granicę, w tym do Meksyku (1981) i Stanów Zjednoczonych (1987). Zamieszczał prozę, artykuły i recenzje w niezależnych czasopismach, między innymi w „Miesięczniku Małopolskim” (1984–1985, 1988–1989; podpisany też: A.; Piotr Kowalski; Wojciech Klem) i w „Kulturze Niezależnej” (1985–1989; podpisany też J. Pawłowski). W 1989 roku brał udział w obradach Okrągłego Stołu jako przedstawiciel opozycji solidarnościowej. Był inicjatorem i współzałożycielem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich (SPP) oraz pierwszym prezesem Stowarzyszenia, wybranym na zjeździe założycielskim w maju 1989 roku (od 1990 prezes honorowy). Kontynuował współpracę z „Tygodnikiem Powszechnym”, a nadto publikował w „Tygodniku Solidarność” (1989), „Dekadzie Literackiej” (1990–1991) i „Odrze” (1990–1992); wchodził w skład Rady pisma „NaGłos” (1990–1997) i Areopagu „Tygodnika Literackiego” (1990–1991). W 1991 roku odbył podróż do Stanów Zjednoczonych i Nepalu. W 1994 roku został członkiem Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie (Wydziału Twórczości Artystycznej). Zmarł 20 lutego 2003 w Krakowie; pochowany na cmentarzu parafialnym w Tyńcu.
Autor głębokich refleksji o laickich źródłach etyki (Przed nieznanym trybunałem), pisarz nieugięty wobec nacisków polityki, ostatni prezes rozwiązanego przez władze stanu wojennego Związku Literatów Polskich, do końca walczący o jego istnienie, co opisał w głośnej książce Kadencja. Jest autorem prozy wojennej: prostej opowieści o wrześniowej klęsce (Polska jesień), a przede wszystkim opowiadań partyzanckich (Buty), w których mierzy się krytycznie z heroiczną legendą „leśnych ludzi”. Przejmująca jest także gorzka opowieść o życiu młodziutkiego polskiego powstańca z 1863 roku, emigranta do Francji i niedoszłego zabójcy cara Aleksandra II (Ikar; Wyspa).
Szczepański jako autor był piewcą ludzi i spraw przegranych, bolesnych, niejednoznacznych moralnie, nie oszczędzał swym bohaterom drastycznych doświadczeń, obnażał ciemne i wstydliwe strony ich życiorysów. Uprawiał z równym powodzeniem powieść i nowelistykę. Umiał też opowiadać zabawne anegdoty, czasem fantastycznie zmyślone (Portki Odysa), czasem oparte na własnych przeżyciach (Historyjki). Wrażliwy na urodę świata i wielość kultur: swoje liczne podróże opisał w serii reportaży z kilku kontynentów, był też wybitnym scenarzystą filmowym.
Laureat wielu nagród, między innymi otrzymał dwukrotnie nagrodę Stowarzyszenia Filmowców Polskich (1971, 1975) za najlepsze publikacje na temat Ogólnopolskiego i Międzynarodowego Festiwalu Filmów Krótkometrażowych w Krakowie (drukowane w „Tygodniku Powszechnym”). Otrzymał nagrodę miesięcznika „Odra” (1980), nagrodę kulturalną „Solidarności” (1987), Nagrodę Polskiego PEN Clubu im. K. Pruszyńskiego (1989), nagrodę Wojewody Krakowskiego w dziedzinie kultury i sztuki (1994), nagrodę im. W.S. Reymonta, przyznawaną przez Zarząd Związku Rzemiosła Polskiego we współpracy z SPP i ZLP (1995), a w 2001 roku nagrodę im. J. Parandowskiego przyznawaną przez Polski PEN Club, nagrodę miasta Krakowa w dziedzinie kultury i sztuki oraz Literacką Nagrodę Miast Partnerskich im. S.B. Lindego ustanowioną przez Toruń i Getyngę. Odznaczony między innymi Krzyżem Armii Krajowej, przyznanym przez rząd emigracyjny w Londynie, Krzyżem Kawalerskim (1974) i Krzyżem Komandorskim (1997) Orderu Odrodzenia Polski.