Swoją literacką drogę rozpoczęła w 1956 roku, publikując opowiadanie Człowiek o gorącym sercu na łamach „Świata Młodych”. Jest autorką wielu cenionych książek i wierszy dla dzieci, wśród których znajduje się między innymi Nasza mama czarodziejka.
W 1960 roku ukończyła studia dziennikarskie na Uniwersytecie Warszawskim. Początkowo związana była z Wydziałem Pedagogiki i Psychologii tej uczelni, a od 1982 roku pracowała w Instytucie Informacji Naukowej i Studiów Bibliologicznych na Wydziale Historycznym UW. W 1992 uzyskała stopień doktora habilitowanego, a w 2001 tytuł profesora nauk humanistycznych.
Jest autorką licznych rozpraw i artykułów naukowych z zakresu krytyki literackiej, czytelnictwa, bibliotekoznawstwa oraz literatury dziecięcej. Publikowała w czasopismach wychodzących poza cenzurą, między innymi w pisemku dla dzieci „Okienko” (1986–1989). Była pomysłodawczynią i pierwszą redaktor naczelną miesięcznika „Guliwer”, którym kierowała do 2002 roku. Współpracuje z wieloma czasopismami dla dzieci. Należała do Związku Literatów Polskich, a następnie do Stowarzyszenia Pisarzy Polskich. Jest członkinią Zarządu Polskiej Sekcji IBBY.
Twórczość Papuzińskiej od lat zajmuje ważne miejsce w polskiej literaturze dziecięcej. Jej książki łączą w sobie ciepło, wrażliwość i wyobraźnię, poruszając tematy bliskie dzieciom, ale także niosąc uniwersalne wartości. Autorka z powodzeniem sięga po różne formy literackie – od opowiadań i powieści po wiersze i słuchowiska – zawsze stawiając na dialog z młodym czytelnikiem.
Joanna Papuzińska została wielokrotnie uhonorowana za swoją twórczość i działalność na rzecz literatury dziecięcej. Otrzymała między innymi Złoty Krzyż Zasługi (1989), Medal im. Janusza Korczaka (1994), Order Uśmiechu (2005), Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2005) oraz Odznakę Honorową za Zasługi dla Ochrony Praw Dziecka (2016). Jej książki, takie jak Darowane kreski, Wędrowcy czy Chwilki dla Emilki, zdobywały nagrody i wyróżnienia literackie. W 2014 otrzymała Nagrodę Pary Prezydenckiej, a w 2024 – Nagrodę Literacką m.st. Warszawy w kategorii „warszawska twórczyni”.