Twórczość literacką Hen rozpoczął w czasie drugiej wojny światowej, jego wiersz ukazał się w piśmie „Głos Żołnierza”. We wczesnych utworach autora dominują motywy autobiograficzne, najpierw związane z wojenną tułaczką i służbą w szeregach Armii Czerwonej oraz Ludowego Wojska Polskiego. W swojej prozie wspomnieniowej i dziennikach wraca też do swojego dzieciństwa spędzonego w wielokulturowej Warszawie, gdzie urodził się w żydowskiej rodzinie jako Józef Henryk Cukier. Charakterystyczne dla jego twórczości jest wprowadzanie do książek wątków sensacyjnych, romansowo-awanturniczych i kryminalnych.
Jego powieść Toast, znana też jako Prawo i pięść, rozgrywa się w 1945 roku na Ziemiach Odzyskanych i opowiada o byłym więźniu obozów koncentracyjnych w Auschwitz i Dachau, Andrzeju Kenigu. Dołącza on do grupy mającej zabezpieczyć majątek w miasteczku uzdrowiskowym Graustadt (Siwowo). Na miejscu orientuje się, że szef nie jest lekarzem, za którego się podaje, a jego celem jest szaber porzuconego mienia, w tym wyposażenia szpitala i sanatorium. Kenig postanawia w pojedynkę zatrzymać szabrowników, przez co dochodzi do strzelaniny, w której giną trzy osoby.
Uznanie czytelników zyskały także eseje biograficzne Hena, takie jak Ja, Michał z Montaigne, Błazen – wielki mąż. Opowieść o Tadeuszu Boyu-Żeleńskim, Mój przyjaciel król. Opowieść o Stanisławie Auguście Poniatowskim. Pisarz jawi się w nich jako erudyta i gawędziarz, komentator historii i kultury, skłonny do rewizji prawd uznawanych za niepodważalne. Na przykład w opowieści o Stanisławie Auguście Poniatowskim kontrowersyjny król zostaje pokazany jako postać pozytywna, reformator, któremu udało się wykształcić elitę, budującej potem świadomość narodu.
Autor tworzy także współczesne powieści beletrystyczne, takie jak Bruliony profesora T. Akcja książki rozgrywa się w Warszawie w 2005 roku. Tytułowy profesor, amerykański rusycysta, przybywa do Polski z serią wykładów, w istocie jednak chce rozwikłać zagadkę śmierci swojego warszawskiego przyjaciela. Niespodziewanie wplątuje się w romans z dużo od niego młodszą kobietą.
Również powieść Pingpongista została pomyślana jako utwór popularny, choć punktem wyjścia jest sprawa poważna – Hen nawiązał bowiem do sprawy mordów w Jedwabnem w lipcu 1941 roku. W fikcyjnym miasteczku Cheremiec w 2001 roku pojawia się emerytowany sędzia z Ameryki. Przybysz zadręcza się tym, że nie uratował z pogromu swego żydowskiego przyjaciela, z którym namiętnie grywał w ping-ponga. Hen wskazuje na rozmaite konsekwencje zbrodni dokonanej przez Polaków na żydowskich sąsiadach i ocenia całkiem współczesne postawy wobec pogromu.
Proza Józefa Hena była wielokrotnie ekranizowana. Na podstawie książek autora mogliśmy oglądać takie produkcje jak: Crimen (serial telewizyjny), Dwa żebra Adama, Królewskie sny, Krzyż Walecznych, Kwiecień, Mgiełka, Nieznany, Nikt nie woła, Ping-pong, Prawo i pięść, Rycerze i rabusie. Sam Hen jest autorem licznych scenariuszy filmowych i telewizyjnych – oryginalnych lub będących adaptacjami. Jest również reżyserem Markiza de Pompadour, Ping-ponga, Pereł i dukatów oraz współreżyserem Weekendów.
Pisarz jest laureatem wielu nagród, w tym Nagrody Ministra Kultury i Sztuki I stopnia, Nagrody Literackiej im. Władysława Reymonta, Nagrody Literackiej m.st. Warszawy. Był nominowany do Nagrody Literackiej „Nike”. Otrzymał też liczne odznaczenia, między innymi Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Krzyż Walecznych, Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
