Z wykształcenia dziennikarz, debiutował w 1959 roku na łamach prasy literackiej jako prozaik; jeden z głównych przedstawicieli tzw. nurtu chłopskiego w polskiej prozie.
O powieściach i zbiorach opowiadań publikowanych przez Mariana Pilota od połowy lat 60. do późnych lat 80. XX wieku krytycy pisali z uznaniem. Chwalili pisarza za to, w jaki sposób opracował swój temat koronny, a więc problem przemieszania kultury wiejskiej z miejską i kwestię wykorzenienia chłopa w latach istnienia Polski Ludowej. Pilot chętnie posługiwał się formami karykatury i groteski, wypracował oryginalny styl, oparty na innowacjach składniowych, a zwłaszcza na mnożeniu neologizmów. Szczególną biegłość osiągnął w posługiwaniu się monologiem wewnętrznym, ożywiając jednocześnie zapomniane tradycje plebejskiego gawędziarstwa.
W przełomowym roku 1989 ukazała się piąta powieść w dorobku pisarza, Bitnik Gorgolewski, którą pospiesznie – jak się okazało – uznano za próbę podsumowania dokonań twórczych Pilota. Po dłuższej przerwie pojawił się jeszcze skromny zbiór opowiadań Na odchodnym (2002), w którym występują różne sposoby rozmowy ze śmiercią i o śmierci, czemu sprzyja centralny punkt w przestrzeni – cmentarz na Bródnie. Odautorski narrator staje się tam kronikarzem cudzego umierania, redaktorem nekrologów, obserwatorem dramatów osób, których bliscy odeszli. Trzeba było jednak kolejnych ośmiu lat, żeby nastąpił zwrot w karierze pisarskiej Mariana Pilota. W 2010 roku ukazał się bowiem nieledwie brawurowy, nad wyraz okazały pod względem problemowym Pióropusz (2010), powszechnie komplementowany i wyróżniony Nagrodą Literacką „Nike”. Akcja tej powieści rozgrywa się zasadniczo we wczesnych latach 50. ubiegłego stulecia, w środowisku wiejskim, choć osadzona została w ramie współczesnej. Oto umiera ojciec uznanego pisarza, prosty, niepiśmienny chłop. Syn poruszony tą sytuacją postanawia – niejako w jego imieniu, w zastępstwie – opowiedzieć o burzliwym życiu rodziciela, chłopskiego awanturnika i złodzieja. W głębszej i ciekawszej warstwie Pióropusz traktuje o potędze i przekleństwie pisma, o wierze w słowo i konsekwencjach upojenia się tą wiarą, a najważniejsze zdarzenia i motywy mają tu wymiar symboliczny. Syn wydobył się z chłopskiej chaty i biedy dzięki sztuce pisania, ale jednocześnie był pisarzem niejako podwójnym: tworzył literaturę piękną, ozdobną w słowa (splatał z nich – jak mówi – tytułowy pióropusz), ale i rzeczowe, suche raporty dla służby bezpieczeństwa. W krytycznej chwili (agonia ojca) powieściowy pisarz chce zrozumieć, dlaczego stał się donosicielem.
Po uhonorowaniu Pióropusza nagrodą „Nike” Wydawnictwo Literackie wznowiło jedną z ciekawszych wczesnych książek Pilota (zbiór opowiadań Pantałyk), a także wydało poprawiony i rozszerzony tom szkiców Matecznik (teraz jako Nowy matecznik, 2012) – oryginalne dzieło etnograficzno-historyczne, dotyczące kultury rodzinnej ziemi pisarza. Do tego samego kręgu należy opracowany przez Mariana Pilota Słownik dawnej gwary Siedlikowa (2011).
Powieść zatytułowana Osobnik (2013) – być może najbardziej ambitne artystycznie dzieło w dorobku Mariana Pilota – zaskoczyła czytelników. Lekturę utrudnia niejednoznaczna, w praktyce niemożliwa do zrekonstruowania fabuła tej powieści, a zwłaszcza język, gdyż Osobnik jest przede wszystkim wyzwaniem językowym. Pisarz chciał tu zapewne wypracować jakąś niepowtarzalną formułę nowoczesnego oniryzmu, radykalnie zrywał bowiem z logiką przyczyny i skutku, postawił na tak zwaną wyzwoloną wyobraźnię. Narracja utkana jest tutaj z drobinowych na ogół i nieprzystających do siebie zdarzeń, postaci mają charakter widmowy, czytelnik zaś od pierwszych stron Osobnika nabiera przekonania, że ma do czynienia z czymś na podobieństwo eksperymentu literackiego, rzadko podejmowanego w naszych czasach.
Ostatnie książki Mariana Pilota to: powieść Niebotyki i eksperymentalny utwór Dzikie mieso, za który w 2022 roku zajął pierwsze miejsce w XVIII Ogólnopolskim Konkursie Literackim im. Artura Fryza oraz otrzymał nominację do Literackiej Nagrody Europy Środkowej Angelus.
Jego utwory w przekładach, w tym na języki rosyjski i niemiecki, znalazły się w kilku antologiach literackich.