Zadebiutował dobrze przyjętym przez krytyków zbiorem opowiadań Copyright (2001), w którym, posługując się różnymi stylami i formami narracji, porusza jeden z kluczowych tematów prozy pokoleniowej, czyli zmagania Polaków z mitem Zachodu jako barwnego świata konsumpcji.
Rozgłos przyniosła Witkowskiemu powieść Lubiewo (2005), najbardziej radykalny i bezkompromisowy gejowski coming out w historii polskiej prozy. Autor ukazuje w książce losy gejów, ich sposób życia w czasach późnego PRL, przed emancypacją. Powieść wykorzystuje estetykę campu, język jest „przegięty”, zwulgaryzowany, a równocześnie wysublimowany.
W kolejnych książkach, zbiorze opowiadań Fototapeta (2006) i powieści Barbara Radziwiłłówna z Jaworzna-Szczakowej (2007), Witkowski kontynuuje i rozwija tematykę obecną już w poprzednich dwóch książkach: doświadczeń dzieciństwa w czasach schyłkowego PRL, specyfiki przełomu polityczno-społeczno-gospodarczego po 1989 roku oraz kształtującego się w Polsce w latach 90. ubiegłego wieku „dzikiego” kapitalizmu.
W powieści zatytułowanej Margot (2009), znaleźć można całą galerię barwnych postaci, z głównymi bohaterami na czele. Tytułowa Margot jest rozbuchaną seksualnie kobietą, pracującą jako kierowca tira-chłodni, natomiast Waldek Mandaryna to prosty chłopak ze wsi, który dzięki udziale w reality show staje się celebrytą. Witkowski w krzywym zwierciadle ukazuje światek celebrytów, telewizyjnych gwiazdek, ale dotyka również w powieści problemu rozchwiania wszelkich wartości i tożsamości, generującego poznawczą niepewność oraz kłopoty z dokonywaniem wyborów.
W kolejnych latach Witkowski zwrócił się ku prozie gatunkowej, w powieściach Drwal (2011) oraz Zbrodniarz i dziewczyna (2014) eksperymentował z formą kryminału. Książki nie są kryminałami w sensie dosłownym, ale humorystycznymi wariacjami transponującymi ten gatunek. W Drwalu intryga kryminalna stanowi jedynie rodzaj katalizatora fabuły, a sama powieść jest swoistą antologią tematów i motywów typowych dla pisarstwa Witkowskiego. Znajdują się w niej: wątek gejowski, wspominki czasów późnego PRL czy socjologizujące komentarze współczesnych wydarzeń. Powieść Zbrodniarz i dziewczyna bliższa jest konwencji tradycyjnego kryminału, choć i tu sporo jest wysmakowanego humoru, autotematyzmu i intertekstualnych gier.
Na kilka lat pisarz powraca do tematów prowincji i ucieczki z niej, traum pokoleniowych, mitu zachodnioeuropejskiego raju, określania i budowania tożsamości, co odgrywa się na kartach Fynf und cwancyś (2015), Wymazane (2017), by powrócić z mrocznym kryminałem Tango (2022), w którym Aspirant Piątek prowadzi śledztwo dotyczące zaginięć i morderstwa a podejrzanym jest kochanek jednej z ofiar, pracujący jako żigolo.
Ostatnią z dotychczas opublikowanych książek Michała Witkowskiego jest pierwsza część jego autobiografii zatytułowana Wiara (2023).
Wielokrotnie nagradzany i wyróżniany w różnych konkursach literackich. Pięciokrotnie nominowany do Nagrody Literackiej „Nike”: w 2006 roku za Lubiewo, w 2007 za Fototapetę, w 2012 za Drwala, w 2018 za Wymazane oraz w 2024 za Autobiografia t. 1 Wiara; ta ostatnia wygrała w plebiscycie czytelników. W 2006 roku otrzymał też Nagrodę Literacką Gdynia za Lubiewo, a w 2008 roku nominowana do niej była powieść Barbara Radziwiłłówna z Jaworzna-Szczakowej. Z kolei Drwal w 2012 roku znalazł się w finale Literackiej Nagrody Europy Środkowej „Angelus”. Trzykrotnie nominowany również w kategorii „Literatura” do Paszportów „Polityki”; w 2007 roku laureat tej nagrody.
[NC]