Był jedną z najbardziej niejednoznacznych i oryginalnych postaci polskiej literatury powojennej.
Autor utworów przekraczających tradycyjne granice gatunkowe, łączących poezję z prozą, refleksję filozoficzną z ekspresją języka potocznego, psychologiczny realizm z formalnym eksperymentem. Twórczość Czycza, długo marginalizowana w głównym nurcie polskiego życia literackiego, stanowi dziś kluczowy punkt odniesienia dla badań nad literackim modernizmem i awangardą końca XX wieku.
Syn Władysława Czycza, ślusarza kolejowego, i Heleny ze Spytkowskich, chłopki małorolnej. Dzieciństwo spędził w Krzeszowicach, w których mieszkał niemal przez całe życie i które w znacznej mierze ukształtowały jego wyobraźnię artystyczną. Po wojnie uczęszczał do tamtejszego gimnazjum ogólnokształcącego oraz do Technikum Energetyczno-Elektrycznego w Krakowie, które ukończył w 1952 roku. Należał do Związku Młodzieży Polskiej. Do 1955 roku pracował w Krakowskich Zakładach Kamienia Budowlanego, kolejno w Krakowie i Krzeszowicach. W latach 1955–1957 podejmował różnego rodzaju prace zarobkowe. Następnie studiował jako hospitant w pracowni prof. Adama Marczyńskiego w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie, jednak w 1959 roku, z powodu konieczności zarobkowania, zrezygnował ze studiów.
Zadebiutował w 1955 roku w Prapremierze pięciu poetów – publikacji ogłoszonej w 51 numerze „Życia Literackiego”, która wprowadzała do obiegu literackiego pięciu młodych twórców: Bohdana Drozdowskiego, Jerzego Harasymowicza, Mirona Białoszewskiego, Zbigniewa Herberta oraz Stanisława Czycza. Każdemu z poetów towarzyszył tekst krytyczny jednego z uznanych komentatorów: w przypadku Czycza autorem rekomendacji był Ludwik Flaszen. Zbiór ten miał charakter manifestu estetycznego: zapowiadał odnowę poezji po latach socrealistycznego zniewolenia i stanowił wyraźny zwiastun artystycznej „odwilży”. W 1957 roku Czycz opublikował tom Tła, utrzymany w duchu egzystencjalnym, z wyraźnym rysem katastroficznym i ontologicznym.
W latach sześćdziesiątych przeszedł do prozy, która stała się głównym polem jego twórczych eksperymentów. W wydanym w 1967 roku tomie Ajol autor posłużył się strumieniem świadomości, asocjacyjnym montażem obrazów i poetyką snu, tworząc zapis psychicznej wędrówki w głąb świadomości. W tym samym roku ukazał się zbiór And, w którym Czycz kontynuował tę formę poszukiwań, łącząc surrealistyczne obrazy z analizą doświadczenia zmysłowego i egzystencjalnego.
Później na pewien czas zrezygnował z rozbudowanych eksperymentów literackich i w 1968 roku wydał Nim zajdzie księżyc. Jest to zbiór opowiadań o charakterze autobiograficznym, w których autor z oszczędną, realistyczną wrażliwością powraca do lat dzieciństwa i młodości spędzonych w Krzeszowicach.
W latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych Czycz stopniowo wycofywał się z życia literackiego, jednak wciąż pisał – jego opowiadania z tego okresu ukazały się w tomie Nie wiem co ci powiedzieć (1983), a w 1987 opublikował powieść autobiograficzną Nie wierz nikomu. W utworach tych autor zwraca się ku tematom pamięci, przemijania i rekonstrukcji przeszłości, a swojemu językowi nadaje funkcję terapeutyczną i ontologiczną. Proza Czycza z tego czasu cechuje się surowością zapisu oraz napięciem między porządkiem świata a jego językowym odzwierciedleniem.
Po śmierci autora w 1996 roku opublikowano Arw (2008) – eksperymentalny scenariusz o życiu Andrzeja Wróblewskiego, łączący prozę, poezję i scenariusz filmowy. Jest on uznawany za prekursorski przykład polskiej liberatury.
Czycz pozostaje autorem kultowym dla badaczy i pisarzy poszukujących radykalnych form ekspresji, a jego twórczość jest ważnym punktem odniesienia dla współczesnych poetów i prozaików.