Studiował polonistykę, a przez krótki czas również filozofię na Uniwersytecie Jagiellońskim. Był też słuchaczem wykładów z filozofii prowadzonych przez księdza Józefa Tischnera wnbsp; Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Debiutował jako Wojciech Ciura (pod panieńskim nazwiskiem matki) w 1985 roku wierszem Najlepszym poetą jest w tygodniku „Radar”. Później publikował utwory i artykuły na łamach periodyku Koła Naukowego Polonistów UJ oraz brał udział w licznych konkursach poetyckich. Pierwsze wiersze pod swoim nazwiskiem zamieścił na łamach „brulionu” w 1990 roku; były to utwory nagrodzone w konkursie organizowanym przez to pismo. Następnie publikował wiersze i recenzje w „NaGłosie”, a także rozpoczął współpracę z „Tygodnikiem Powszechnym” iz miesięcznikiem „Znak”; w latach 1996–2000 był w zespole redakcyjnym pisma, a później pracował jako redaktor w Wydawnictwie Znak. Jest członkiem Rady Programowej Instytutu Myśli Józefa Tischnera, działa w Fundacji im. Brata Alberta, a w 2013 roku objął funkcję wiceprzewodniczącego Rady Fundacji. Jest również członkiem Rady Fundacji Anny Dymnej „Mimo Wszystko” oraz Rady Fundacji „Tygodnika Powszechnego”.
Już w debiutanckim tomie Wybór większości Bonowicz zaprezentował spójną, wyrazistą poetykę, której, mimo rozmaitych modyfikacji, pozostaje wierny aż do tomów najnowszych. W krótkich wierszach interesuje Bonowicza niuans, cieniowanie słów, akcentowanie niejasności i niejednoznaczności. Jego wiersze są skondensowane, gnomiczne, lecz mimo to często rządzi nimi poetyka fragmentu – nierzadko intencjonalnie nieforemnego, nieprzekładalnego i odpornego na proste wyjaśnienia. Dzieje się tak, ponieważ Bonowicz nie uznaje wiersza za odpowiedź, lecz za narzędzie do stawiania pytań. W Hurtowni ran z 2000 roku czytamy na przykład: „Ale kim ja jestem? Czasem nie można / pogodzić tego że jesteś i tego kim”. Co ważne, Bonowicz nie waha się stawiać pytań najbardziej fundamentalnych, wprost metafizycznych. Jest zresztą we współczesnej polskiej poezji autorem bodaj najowocniej czerpiącym z inspiracji chrześcijańskich, choć jego wierszom daleko do jakiejkolwiek konfesyjnej ostentacji. Bytują one nierzadko jak znak na drodze – którego zadaniem jest wytrącenie z nieuwagi, pobudzanie do uważności. Funkcją wiersza jest przy tym raczej zaciemnianie i komplikowanie – rozbijanie iluzji pełni, jedności, komplementarności. Zapewne właśnie ze zderzenia powagi (nigdy koturnowej), skumulowanej językowej energii i egzystencjalnej dociekliwości bierze się osobność i wybitność wierszy Wojciecha Bonowicza. Inną niezwykle ważną cechą jego utworów jest ich otwartość: „To nie dla dziecka / myślę sobie ale / pokazuję mu swoje wiersze / i pozwalam dorysować / nowe”. Wiersze Bonowicza zapraszają nie tylko do mówienia inaczej, przemyśliwania świata i języka na nowo, lecz także do bycia razem. To poezja gościnna – oraz rodzinna. Poeta pisze bowiem również wiersze dla dzieci, opublikował między innymi Bajki Misia Fisia, ilustrowane przez Bartosza „Fisza” Waglewskiego (książka wpisana na Listę Skarbów Muzeum Książki Dziecięcej).
Jest ponadto autorem książek biograficznych o Józefie Tischnerze (Tischner, 2001; Kapelusz na wodzie, 2010) i książek-wywiadów z Janiną Ochojską, o. Leonem Knabitem, Tomaszem Węcławskim i ks. Tadeuszem Isakowiczem-Zaleskim. Opracował wybory wierszy Marcina Świetlickiego (Nieoczywiste, 2007), Władysława Sebyły (Dialog w ciemności, 2012) i piosenek Fisza (Warszafka płonie, 2013). Chętnie współpracuje z muzykami rockowymi jako autor tekstów oraz wokalista: wystąpił gościnnie na płytach zespołu Lesers Bend, udzielał się także na koncertach zespołów Fisz Emade Tworzywo, Kim Nowak, Pablopavo i Ludziki oraz Świetliki.
Był wyróżniony w zorganizowanym przez „brulion” pierwszym Konkursie na Brulion Poetycki (1989), otrzymał także nagrody i wyróżnienia w kilku konkursach organizowanych przez inne pisma. Jego książka Tischner uzyskała nominację do Nagrody Literackiej „Nike” (2002). Za tom Pełne morze w 2007 roku był ponownie nominowany do Nagrody Literackiej „Nike” oraz otrzymał Nagrodę Literacką Gdynia. W 2014 roku za Echa dostał po raz trzeci nominację do Nagrody Literackiej „Nike”, a także do Nagrody im. Wisławy Szymborskiej. Kolejną nominację do Nagrody Literackiej „Nike” przyniósł mu w 2018 roku zbiór Druga ręka. W 2012 roku Bonowicz został odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi za działalność na rzecz społeczności lokalnej, a w 2019 roku (wraz z żoną) – Medalem św. Brata Alberta za działalność na rzecz osób z niepełnosprawnością intelektualną. W 2020 roku autor został jednym z laureatów pierwszej edycji Nagrody Krakowa Miasta Literatury UNESCO, ponownie otrzymał tę nagrodę w 2022 roku.
