Kudyba zadebiutował jako poeta wydanym w 1994 tomem Wierność w małej rzeczy. Charakterystyczną cechą jego dykcji poetyckiej jest „efekt poruszonej formy” (określenie autora). Zakwestionowane zostają przezeń utarte zwroty, rozerwane stałe związki frazeologiczne. Równocześnie język wierszy Kudyby emanuje prostotą i jasnością, która wydaje się wypływać z pragnienia poety, by pozornie nieważnym i drobnym doświadczeniom codzienności nadawać wyższy sens. Takim językiem Kudyba zapisuje refleksje zakorzenione głęboko w duchowości katolickiej. Sięga też często po motywy rodziny, domu, bliskiej okolicy. Jego utwory to manifestacja stale ponawianych aktów ufności w wykreowane dobro. W 2007 Kudyba wydał tom Gorce Pana. W wierszach nawiązujących do różnych miejsc rejonu Gorców poeta zawarł przemyślenia o kondycji ludzkiej duszy i jej przemianach w obliczu piękna rodzimej przyrody.
Z czasem do twórczości poetyckiej Kudyba dołączył prozatorską. W 2015 ukazała się jego pierwsza powieść Nazywam się Majdan. Jej bohaterem jest Petro Majdan, ukraiński doktorant kulturoznawstwa, intelektualista sercem tkwiący w swej udręczonej ojczyźnie. Język stylizowany na staropolszczyznę pozwala autorowi uniknąć sentymentalizmu i patosu. Wydane w 2020 roku I co dalej? to z kolei zbiór opowiadań. W krótkich formach Kudyba oryginalnie sportretował współczesnych, zwykle przeciętnych bohaterów, których głos wybrzmiewa w tomie doniośle i przejmująco. Krytyka wskazywała też na mocne osadzenie nowelistyki Kudyby w codzienności, na cechujące ją empatię i współczucie.
Szukając swego miejsca w różnych rejonach prozy, Kudyba skierował się na tory powieści historycznej. Tak powstał dwutomowy epos kreślący losy rodu Pułaskich w dobie stanisławowskiej. Autor przedstawia w nim całą gamę postaw Polaków wobec groźby utraty niepodległości, unikając przy tym łatwych ocen.
Wojciech Kudyba jest również autorem licznych rozpraw o literaturze współczesnej, wykładowcą akademickim i jurorem nagród literackich, aktywnym krytykiem literackim. Zarówno jego twórczość naukowa, jak i literacka wyróżniają się wysoką kulturą słowa i rozpoznawalnym, jasnym stylem.
Pisarz jest laureatem licznych konkursów poetyckich, w tym Konkursu Poetyckiego im. Rainera Marii Rilkego i Konkursu Poetyckiego im. Konstantego Ildefonsa Gałczyńskiego w Praniu. W 2008 został uhonorowany Nagrodą im. Józefa Mackiewicza za Gorce Pana. Za tom nowel Kamienica nominowany do Nagrody Literackiej im. Józefa Mackiewicza (2019). Jego utwory ukazywały się w licznych pismach i antologiach zagranicznych w tłumaczeniu na angielski, niemiecki, francuski, słowacki, rosyjski i turecki.