Posługiwał się pseudonimem: Cyprian; Z.K. Jest autorem szkiców poświęconych przede wszystkim zaś tradycji klasycznej, zarówno chrześcijańskiej, jak i pogańskiej, a także literaturze staropolskiej i angielskiej poezji romantycznej. W swoim namyśle nad twórczością zakładał zawsze perspektywę kulturowej ciągłości, podkreślając aktualność dzieł stworzonych przed wiekami.
Ukazywał związek kultury polskiej z antykiem, dowodząc, że – w symbolicznym ujęciu – Polska leży nad Morzem Śródziemnym, „w przestrzeni dzieł wiecznych”. Zwieńczeniem jego wieloletniej pracy stała się monumentalna Mitologia Greków i Rzymian – nowa polska próba zmierzenia się z mityczną materią. Zygmunt Kubiak świadomie zderzył klasyczne dziedzictwo ze współczesnością, czytając mity poprzez doświadczenia mieszkańca Europy Środkowej u schyłku XX stulecia. Ukazywał mit w jego najgłębszym wymiarze jako „historie, które nie wydarzyły się nigdy, lecz dzieją się zawsze”, a więc jako zapis uniwersalnego ludzkiego doświadczenia.
Tłumaczenia Zygmunta Kubiaka są uznawane za wzorcowe i stanowią ważny wkład w polską kulturę literacką. Jego przekłady cechuje dbałość o estetykę języka polskiego oraz głęboka wiedza historyczna i kulturowa, która pozwala czytelnikowi lepiej zrozumieć kontekst powstawania tych dzieł. Wielokrotnie wracał do publikacji wcześniej przez siebie przekładanych i nieraz gruntownie je zmieniał. Dzięki jego pracy translatorskiej teksty antyczne, takie jak Antologia Palatyńska czy poezje Konstandinosa Kawafisa, stały się dostępne dla współczesnych czytelników. Kubiak był nie tylko tłumaczem, ale także propagatorem kultury antycznej, zaangażowanym w popularyzację literatury grecko-rzymskiej.
Był redaktorem wielu opracowań, między innymi: tragedii Sofoklesa (1969), Iliady i Odysei Homera (1990), wierszy Józefa Wittlina (1995). Publikował również w czasopismach „Słowo Powszechne”, „Znak”, „Tygodnik Powszechny”.
W 1997 roku został odznaczony greckim Złotym Krzyżem Zasługi (1996) oraz Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. Był wielokrotnie nagradzany, między innymi otrzymał Nagrodę im. Kościelskich (1963), włoską nagrodę Premio Canaletto (za przekład Eneidy, 1989), Nagrodę im. Stanisława Vincenza (za całokształt twórczości, 1996), Nagrodę Literacką im. Władysława Reymonta (za całokształt twórczości, 2000), Nagrodę Totus Tuus (za humanistyczne przesłanie dzieł, 2002). Pośmiertnie uhonorowany Nagrodą im. księdza Józefa Tischnera (za twórczość translatorską, a zwłaszcza za przekład Wyznań św. Augustyna, 2004).