Wywodzi się z rodziny irlandzkich zesłańców. W 1994 roku wydał powieść Śmierć przewodnika rzecznego. Trzy lata później opublikował Klaśnięcie jednej dłoni, a w 1998 roku na podstawie tej książki nakręcił film Oklaski jednej dłoni. Jego Księga ryb Williama Goulda została przetłumaczona na wiele języków (w tym polski) i nagrodzona prestiżową Commonwealth Writers’ Prize. To powieść stylizowana na dziennik prawdziwego zesłańca o tytułowym imieniu i nazwisku, jej akcja toczy się w latach 20. XIX wieku w kolonii karnej położonej na jednej z niewielkich wysp w pobliżu Tasmanii. Komendant kolonii usiłuje stworzyć na niej utopijne społeczeństwo, lecz podejmowane przez niego próby przyczyniają się do zwiększenia przemocy wśród skazańców. W tej pełnej dygresji, częściowo zmistyfikowanej powieści autor szkicuje mroczną rzeczywistość pierwszych lat brytyjskiego osadnictwa w Australii.
Flanagan publikował między innymi na łamach „Le Monde”, „The Daily Telegraph”, „Suddeutsche Zeitung”, „The Monthly”, „New York Timesa” i „New Yorkera”. W 2014 roku otrzymał prestiżową nagrodę Man Booker Prize za powieść Ścieżki północy.
