Poezja Polkowskiego jest poezją sprzeciwu, zaangażowaną, ale jednocześnie nie biało-czarną, ujmującą rzeczywistość w jej skomplikowaniu. Poeta unika zbędnego patosu i ma zdolność kondensowania znaczeń w precyzyjnej formie wiersza.
W latach 80. ubiegłego stulecia Polkowski był najważniejszym poetą niepodległościowego podziemia. W jego wczesnych wierszach antykomunistyczne zaangażowanie łączyło się z perspektywą kontemplacyjną i metafizyczną. Kluczowymi kategoriami był patriotyzm, mesjanizm, moralne napięcie, ożywiona tradycja.
Od tomu Cantus zaobserwować można zmianę stylu i tonu jego wierszy. Dominantą nowych utworów stały się gorycz przemijania, melancholia, rozpacz, kojone tylko częściowo przez kontemplację natury czy przywoływanie przebłysków minionego rodzinnego szczęścia.
W 2013 roku Polkowski zadebiutował jako powieściopisarz: Ślady krwi. Przypadki Henryka Harsynowicza to historia o polskich losach, oglądanych z dystansu przez mieszkającego w Kanadzie głównego bohatera. Ostatnia miłość, kolejna prozatorska książka autora, łączy wątki kryminalne i romansowe, które stają się pretekstem do ukazania współczesnego społeczeństwa, ze wszystkimi jego absurdami.
Jest laureatem między innymi Nagrody Kościelskich (1983), nagrody podziemnej Solidarności za twórczość poetycką (1983), Nagrody im. Andrzeja Kijowskiego, nagrody Stowarzyszenia Księgarzy Katolickich Feniks w dziedzinie literatury. W 2012 roku nominowano Polkowskiego do Nagrody im. Wisławy Szymborskiej za tom Głosy, za który otrzymał również Nagrodę Poetycką Orfeusz im. K. I. Gałczyńskiego. Ślady krwi otrzymały nominację i wyróżnienie nagrody im J. Mackiewicza, a także nagrodę Identitas w dziedzinie literatury w 2013 roku. W 2016 roku Polkowski otrzymał nagrodę Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, w dziedzinie literatury, zaś w 2017 został laureatem nagrody im P. Gintrowskiego za wolność w kulturze. Za tom poezji Cantus był także nominowany do Wrocławskiej Nagrody Poetyckiej Silesius.