Opublikowała zbiory wierszy: Po kostki w niebie (2003), Czerwie (2012), Berlin Porn (2015), Mocne skóry, białe płótna (2019), Małe powinności (2022), a także tom wierszy wybranych Rozbiór. Wiersze i poematy (2024) oraz powieści: Mężczyzna z kodem kreskowym (2004), Jesień w Nowym Jorku (2006), Loża (2012). Za Mocne skóry, białe płótna otrzymała nominację do Nagrody Literackiej Gdynia (2020). Tom Małe powinności został uznany Krakowską Książką Miesiąca (2023), przyniósł autorce ponowną nominację do Nagrody Literackiej Gdynia (2023). Jako dramatopisarka współpracowała z Narodowym Starym Teatrem w Krakowie, Teatrem Nowym w Krakowie oraz Teatrem Miejskim w Gliwicach.
Jest autorką dramatów: Projekt Ameryka, Wężowisko, Obcy. Tragedia grecka, Całe życie, Dobra Rodzina oraz Osobliwość / Singularity. W Teatrze Miejskim w Gliwicach wyreżyserowała dwie swoje sztuki: Całe życie (2021) i Dobra Rodzina (2023), jej utwory były wystawiane oraz czytane sceniczne w reżyserii m.in. Radosława Rychcika, Janusza Marchwińskiego, Sebastiana Myłka. Autorka od 2021 roku zasiada w Radzie Programowej Nagrody Dramaturgicznej im. Tadeusza Różewicza, której była inicjatorką.
Jako prozaiczka Joanna Oparek zadebiutowała w 1994 roku powieścią w odcinkach Pan Gałązka, czyli jak zamienić kłopoty na gotówkę? publikowaną na łamach „Przekroju”. W latach 90. XX wieku była dziennikarką. Przez dziesięć lat pełniła funkcję dyrektorki kreatywnej w agencji reklamowej Publika.
Jako autorka tekstów piosenek od 1998 roku współpracuje z zespołem rockowym Kulturka. W 2012 roku współtworzyła Scenę 21 w Krakowie. Jest współzałożycielką Queerowego Centrum Kultury QCK. We współpracy z krakowską galerią Otwarta Pracownia tworzy cykliczne wydarzenia łączące sztuki wizualne i literaturę.
Jej wiersze przełożono na języki angielski, hiszpański, serbski, czeski i duński. Były również wielokrotnie antologizowane.