Opublikowała zbiory wierszy: Zrosty (1999), Składnia (2004), Ulica Słowiańska (2012) oraz Niska rozdzielczość (2014), a także arkusz poetycki Wodne wiersze (2002). Za projekt tomu Zrosty została laureatką Nagrody Głównej w Ogólnopolskim Konkursie Poetyckim im. Jacka Bierezina (1998).
Za tom Niska rozdzielczość była nominowana do Wrocławskiej Nagrody Poetyckiej Silesius (2014). Klara Nowakowska jest przez wielu krytyków literackich uznawana za jeden z bardziej oryginalnych głosów we współczesnej polskiej poezji, jej twórczość bywa łączona z pojęciem minimalizmu.
Jej wiersze przełożono na języki angielski, duński, hiszpański i serbski. Były również wielokrotnie antologizowane.