Absolwent wydziału humanistycznego na Uniwersytecie Loránda Eötvösa. W 1977 roku debiutował nowelą Tebenned hittem na łamach „Mozgó Világ”. W latach 1977–1982 pracował jako dokumentalista w wydawnictwie Gondolat Könyvkiadó, od 1982 roku jest twórcą niezależnym. Jego powieściowy debiut, Szatańskie tango (Sátántangó, 1985, polskie wyd. 2004 w tłumaczeniu E. Sobolewskiej), odniósł szybki sukces, dzięki czemu Krasznahorkai został uznany za jednego z najwybitniejszych węgierskich autorów. Na podstawie tej książki Béla Tarr, przyjaciel twórcy, zrealizował siedmiogodzinny film pod tym samym tytułem (1994); później Tarr nakręcił jeszcze kilka innych filmowych adaptacji powieści pisarza.
Krasznahorkai jest między innymi autorem książek Melancholia sprzeciwu (Az ellenállás melankóliája, 1989, polskie wyd. 2007) oraz Wojna i wojna (Háború és háború, 1999, polskie wyd. 2011); tłumaczenia obydwu pozycji na język polski dokonała Elżbieta Sobolewska.
Pisarz jest laureatem wielu nagród i zdobywcą licznych odznaczeń, między innymi najważniejszej węgierskiej nagrody państwowej – Nagrody Kossutha. W 2010 roku otrzymał (wraz ze swoją tłumaczką Heike Flemming) Nagrodę Brücke Berlin, w 2014 roku – America Award za całokształt twórczości. W 2021 roku uhonorowano go Austriacką Państwową Nagrodą Literatury Europejskiej (Österreichischen Staatspreis für Europäische Literatur).
W 2025 roku Krasznahorkai otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie literatury.
