Chętnie sięga po hybrydy stylistyczne i gatunkowe, zestawia wątki autobiograficzne z fragmentami reporterskimi, ironicznie gra z czytelnikami. Tworzy prozę efektowną i kontrowersyjną. We wszystkich swoich książkach – powieściach, esejach, dziennikach – opiera się na celnej obserwacji paradoksów współczesności.
Jej wczesne powieści My zdies’ emigranty, Tarot paryski, Kabaret metafizyczny, a zwłaszcza Podręcznik do ludzi to utwory pozbawione wyraźnie zarysowanej fabuły. Narrację przerywają eseje o kulturze, historii, sztuce i filozofii. Autorka ośmiesza pseudonaukowe pozy i sprowadza utarte prawdy do granic absurdu, aby pokazać złudzenia, w jakich żyjemy. Z książek wyłania się tyleż przerażający co komiczny portret człowieka Zachodu końca XX wieku – ktoś miotany sprzecznymi ideami, pozbawiony spójnego systemu wartości, łatwo ulegający szybko zmieniającym się modom intelektualnym i obyczajowym.
Tradycyjną formę ma zbiór opowiadań pt. Namiętnik. Tom składa się z pięciu utworów i porusza wątki, które przewijają się w całej twórczości Gretkowskiej – poszukiwania miłości, różnych form relacji męsko-kobiecych, cielesności i erotyki, społecznych granic narzucanych człowiekowi w tych sferach.
W zbeletryzowanych dziennikach intymnych pt. Polka, Europejka i Obywatelka pisarka zmaga się z absurdami polskości i – co może być zaskakujące w kontekście wcześniejszych książek – zdecydowanie staje po stronie normalnego, a nawet banalnego życia. Polka jest w istocie hymnem pochwalnych na cześć macierzyństwa, ogniska domowego i prostych radości dnia codziennego.
Po wątki autobiograficzne sięga również w Przeprawie i Posagu dla Polki, gdzie przekazuje swój posag doświadczeń i przemyśleń – nie tylko córce Poli, lecz wszystkim kobietom. Ponownie łączy historie osobiste z mitami i postaciami kultury w poszukiwaniu emancypacyjnych i wzmacniających kobiety w kulturze treści.
Jest autorką scenariusza do filmu Andrzeja Żuławskiego Szamanka (1996).
Gretkowska była bohaterką filmu dokumentalnego Ewy Pytki Manuela Gretkowska – pisarka nieemigracyjna (1994).
Książka Polka była nominowana do Literackiej Nagrody Nike. Gretkowska zwyciężyła plebiscyt czytelniczek „Wysokich Obcasów” na Polkę Roku 2007, została też Nagrodzona Fenomenem 2006 przez redakcję tygodnika „Przekrój” oraz Elle Style Award 2007 w kategorii: Osoba Publiczna.