Autor opowiadań i powieści science fiction. Niektóre z jego tekstów, na przykład opowiadanie Kara większa z 1991 roku, uznawane są już za klasykę polskiej fantastyki. Proza Huberatha bywa umieszczana w nurcie tzw. fantastyki religijnej, zawierającej motywy metafizyczne, albo próbującej przedstawiać przestrzenie transcendencji. Pisarz sporo miejsca w swojej twórczości poświęca snuciu wizji zaświatów, inspiracji szukając zarówno w historii, jak i w tradycji kulturowej.
W przejmującej Karze większej bohaterowie, aby odpokutować życiowe przewiny, trafiają do miejsca, które przypomina hitlerowski obóz koncentracyjny. W obszernej powieści Miasta pod Skałą Huberath przedstawił własną wersję historii praojca Adama, odwołując się do apokryfów biblijnych oraz malarstwa Hieronima Boscha.
Nie można jednak pisarstwa autora Gniazda światów zamknąć w jednej formule interpretacyjnej. Ważne w pisarstwie Huberatha są także teksty ukazujące wizje społeczności ludzkich, które muszą zmagać się z konsekwencjami kataklizmów cywilizacyjnych czy wojennych (np. Wrócieeś Sneogg, wiedziaam…, Trzy kobiety Dona). Przy czym najistotniejsze w tym przypadku jest nie tyle diagnozowanie stanu współczesnej cywilizacji czy wskazywanie możliwych zagrożeń, jakie pociąga za sobą rozwój nauki i technologii, ale analizowanie reakcji bohaterów, którzy znajdują się w sytuacji granicznej, kiedy ich człowieczeństwo zostaje wystawione na próbę.
Huberath ma niezwykłą łatwość tworzenia zajmujących fabuł, domkniętych zazwyczaj zaskakującymi puentami, oraz pełnokrwistych bohaterów, z którymi czytelnik może się z łatwością identyfikować.
Jest trzykrotnym laureatem prestiżowej Nagrody im. Zajdla.