Pisze powieści, eseje, krótkie formy prozatorskie i poezję. Cała jego twórczość związana jest z rozpoznawaniem historycznych tajemnic i kulturowych fenomenów Śląska w jego najszerszych granicach.
Najbardziej znanym dokonaniem pisarza jest cykl eseistycznych opowieści o Śląsku: Hermes w Górach Śląskich (1994), Opis podróży mistycznej z Oświęcimia do Zgorzelca 1257–1957 (1996), Pitagoras na trawie (1997), Inny Hermes (2001). Waniek przygląda się pejzażowi i poprzez zapisane w nim znaki odsłania dzieje poszczególnych miejsc. Miasta i osady śląskie, napotkane po drodze ruiny i zabytki stają się pod jego piórem czymś w rodzaju palimpsestu. Zadanie narratora polega na odsłanianiu ukrytych przed współczesnymi czytelnikami kolejnych pokładów znaczeń zapisanych w przestrzeni kulturowej.
Henryk Waniek uprawia też beletrystykę. Jego książki – bez względu na to, czy dzieją się w XVI wieku czy latach 80. wieku XX, czy autor sięga po groteskę i czarny humor, czy po łotrzykowską powiastkę filozoficzną – są wciągającymi opowieściami, w których z niesamowitą swobodą bawi się z czytelnikiem w ukrywanie odwołań do historii, filozofii, religioznawstwa.
Jest także twórcą cenionych dzieł malarskich i grafik. Brał udział w ponad 50 wystawach indywidualnych i zbiorowych, jego prace zdobyły wiele krajowych i międzynarodowych nagród, przebywał na stypendiach m.in. we Włoszech i Stanach Zjednoczonych.
Nagradzana była również jego twórczość literacka. Dwukrotnie został laureatem Nagrody im. A. Kijowskiego, dwukrotnie był też nominowany do Nagrody Literackiej Nike. Otrzymał nagrodę Kulturpreis Schlesien des Landes Niedersachsen, Nagrodę w Konkursie Literackim Fundacji Kultury, nagrodę „Pióro Fredry", Dolnośląską Nagrodę Literacką LAUR, nagrodę miesięcznika „Śląsk” – „Śląski Orzeł”, Nagrodę im. ks. A. Weltzla „Górnośląski Tacyt”, Nagrodę Śląski Wawrzyn Literacki.
Ważną częścią jego obecności w kulturze pozostają także związki ze światem filmu i telewizji: zagrał samego siebie w filmie Antoniego Krauzego Podróż do Arabii (1979), był autorem scenografii do telewizyjnej Carmilli w reżyserii Janusza Kondratiuka (1980), a następnie współpracował przy scenografii do filmu Krauzego Dziewczynka z hotelu Excelsior (1988). W 1991 roku pracował przy scenografii filmu Andrzeja Kondratiuka Ene...due...like...fake.... oraz był współtwórcą scenografii do Głosu Janusza Kondratiuka. Jest również bohaterem filmu dokumentalnego Andrzeja Titkowa Sztuka błądzenia (1998).