W swojej twórczości poszukuje formy pozwalającej ująć naukowe refleksje i analizy, a jednocześnie dotrzeć do szerszej grupy odbiorców niż grono uniwersyteckie. Jego teksty sytuują się na pograniczu prozy, eseju i rozprawy naukowej.
Eksplorując możliwości poszczególnych gatunków, stworzył dwa nowe – pasaże (nawiązujących do Waltera Benjamina) i przepowieści. Pasaż to dla autora forma literacką, równie pojemna jak powieść. Dzięki pasażom możliwe jest przechodzenie od świata faktów historycznych do aury mitycznego miasta, a barwny język ożywia dokument. Autor opisuje w pasażach skrupulatnie wszystko, co go otacza: ludzi, książki, zdarzenia, wynalazki, czas pracy i czas zabawy Jest autorem cyklu Pasaży paryskich (Paryskie pasaże, Raptularz końca wieku, Śmierć w wodzie, Ostatni pasaż, Requiem dla moich ulic) i Warszawskich pasaży.
Przepowieść (Kościół św. Rocha) jest natomiast opowieścią, zawierającą przestrogę, która może być też zapowiedzią kierunku zmierzania naszej kultury.
Rutkowski jest również znawcą życia i twórczości Adama Mickiewicza. Wieszczowi poświęcił miedzy innymi nagradzaną książkę Braterstwo albo śmierć. Zabijanie Mickiewicza w Kole Sprawy Bożej o najbardziej burzliwym i tajemniczym okresie życia Mickiewicza – współpracy z podejrzanym mistykiem z Litwy, Towiańskim.
Tłumaczy z języka francuskiego. Przełożył miedzy innymi Pascala Quignarda, Daniela Beauvois’a, Jean-Dominique’a Bauby’ego.
Jest laureatem Nagrody im. Kościelskich (1989, za Braterstwo albo śmierć. Zabijanie Mickiewicza w Kole Bożym).
