Opublikował zbiory opowiadań: Wist (2014), Drugie spotkanie (2017) oraz Trzeci dzień świąt (2021), powieść System Sulta (2019), a także zbiór esejów literackich Anatomia opowiadania (2024), w którym błyskotliwie analizuje teksty obcojęzycznych klasyków gatunku.
Wykłada twórcze pisanie na Uniwersytecie Jagiellońskim. Pracuje jako psycholog. Tłumaczy z języka angielskiego, głównie literaturę historyczną i popularno-naukową. Twórczość prozatorska Miłkowskiego bywała wielokrotnie doceniana przez krytykę literacką. Jego opowiadania przełożono na języki angielski, hiszpański i niderlandzki. Były również wielokrotnie antologizowane.