W najwcześniejszych książkach (Obłęd rotmistrza von Egern, Sternberg) skłaniał się ku historiozoficznym fantazjom, na warsztat twórczy biorąc filozofię dziejów i ducha rewolucji. Zmianę tonu przynosi powieść Epifania wikarego Trzaski. Pisarz wychyla się w niej w stronę współczesności, włączając się między innymi w gorącą dyskusję na temat lustracji Kościoła katolickiego. Problem ten, choć w radykalniejszej wymowie, pojawia się także w thrillerze politycznym zatytułowanym Przemienienie, którego głównym bohaterem jest porucznik Służby Bezpieczeństwa. Świat tajnej, komunistycznej milicji został tam sportretowany z brutalną bezwzględnością. Radykalnie antykomunistyczną wymowę ma także kolejna książka Twardocha – Prawem wilka, zwłaszcza otwierające ów zbiór opowiadanie Bodhisattwa. Kolejnym dziełem pisarza jest sensacyjno-kryminalna powieść Zimne wybrzeża, której oś fabularna rozwija się głównie wokół problemów z polsko-niemiecką tożsamością bohatera Johanna Schmidta vel Johna Smitha.
Tematyzowanie dylematów tożsamościowych odnajdziemy także w Wiecznym Grunwaldzie (2010), w którym Twardoch przygląda się antagonizmowi polsko-niemieckiemu przez pryzmat stereotypów narodowych. Rok później pojawił się zbiór sześciu opowiadań Tak jest dobrze, na różne sposoby problematyzujący życiowe porażki, brak akceptacji, lęk przed śmiesznością i upokorzeniem czy nieautentyczność ludzkich postaw. Rok 2012 przyniósł Morfinę, studium męskiej słabości, w którym po mistrzowsku splatają się trzy wątki: psychologiczny, historyczny i sensacyjny. Akcja powieści (zawierająca także partie retrospektywne) obejmuje trzy tygodnie 1939 roku. Drach z 2014 roku jest epickim portretem wielopokoleniowej śląskiej rodziny. Król i kontynuacja Królestwo opowiadają historię żydowskiego boksera, Jakuba Szapiro. Książka ta w 2018 roku została wydana po śląsku pod tytułem Drach. Edycyjŏ ślōnskŏ. W Pokorze i Chołodzie autor kontynuuje eksplorację tematów historycznych i tożsamościowych.
Najnowsza książka Twardocha Null opowiada o wojnie w Ukrainie. Zdaniem Aleksandry Pakieły autor „nie daje prostych odpowiedzi – nie ocenia, nie gloryfikuje, nie demonizuje. Powieść ta, choć osadzona w ukraińskiej rzeczywistości, niesie uniwersalne pytania o tożsamość, dziedzictwo, obowiązek i pragnienie życia”.
Utwory Szczepana Twardocha posłużyły filmowcom i twórcom teatralnym jako kanwa filmów i spektakli.
Za zbiór opowiadań Tak jest dobrze autor został nominowany do Nagrody Literackiej Gdynia 2012. W 2013 roku został laureatem Paszportu Polityki w kategorii literatura. Nagrodę otrzymał za powieść Morfina – powieść ta była również w finale Nagrody Literackiej „Nike” i otrzymała nominacje do nagród Nagrody Literackiej Gdynia i European Book Prize. W 2015 roku Drach znalazł się w finale Nagrody Literackiej „Nike”, a autor za tę powieść zdobył niemiecką nagrodę literacką Brücke Berlin. W 2015 roku został laureatem Nagrody Fundacji im. Kościelskich. W 2017 roku otrzymał główną nagrodę w plebiscycie „O!Lśnienia 2016” w kategorii „Literatura”. W tym samym roku był nominowany do Nagrody Literackiej Gdynia w kategorii proza za powieść Król. W 2019 roku został laureatem Nagrody im. Samuela Bogumiła Lindego. W 2022 roku Szczepan Twardoch otrzymał Nagrodę im. Kazimierza Kutza. W 2025 roku zdobył Uznamską Nagrodę Literacką.
[PK]